Sekretariat mempunyai tugas melakukan pengoordinasian perumusan dan pelaksanaan kebijakan, pemantauan, pengendalian, evaluasi, pelaporan meliputi perencanaan program, keuangan, hukum, kehumasan, keorganisasian dan ketatalaksanaan, pembinaan ketatausahaan, kerumahtanggaan, kearsipan, kepegawaian, analisis dan formasi jabatan, SOP, SKM, ZI, PMPRB, Perjanjian Kinerja dan pelayanan administrasi di lingkungan Badan.

Dalam melaksanakan tugas, Sekretariat mempunyai fungsi:

1. pengoordinasian kegiatan di lingkungan Badan;
2. pengoordinasian dan penyusunan rencana dan program kerja di lingkungan Badan;
3. pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, keuangan, hukum, hubungan masyarakat, kerumahtanggaan, kearsipan dan kepegawaian di lingkungan Badan;
4. pengoordinasian, pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana di lingkungan Badan;
5. pengoordinasian dan penyusunan peraturan perundang-undangan serta pelaksanaan advokasi hukum di lingkungan Badan;
6. pengoordinasian pelaksanaan sistem pengendalian intern pemerintah dan pengelolaan informasi dan dokumentasi;
7. penyelenggaraan pengelolaan barang milik/kekayaan daerah dan pelayanan pengadaan barang/jasa di lingkungan Badan;
8. pengoordinasian penyusunan analisis dan formasi jabatan di lingkungan Badan;
9. pengoordinasian penyusunan SOP di lingkungan Badan;
10. pengoordinasian pelaksanaan/fasilitasi SKM di lingkungan Badan;
11. pengoordinasian penyusunan ZI, Perjanjian Kinerja di lingkungan Badan;
12. pengoordinasian fasilitasi PMPRB di lingkungan Badan;
13. pelaksanaan monitoring, evaluasi dan pelaporan sesuai dengan lingkup tugasnya; dan
14. pelaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh Kepala Badan sesuai dengan fungsinya.

Sub Koordinator Perencanaan mempunyai tugas pengoordinasian penyiapan bahan perumusan, perencanaan, pelaksanaan, pemantauan, pengendalian, evaluasi serta pelaporan program dan kegiatan di lingkungan Badan serta pelaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh Sekretaris sesuai dengan fungsinya.

Sub Bagian Keuangan sebagaimana mempunyai tugas melakukan pengoordinasian penyiapan bahan perumusan, pelaksanaan, pemantauan, evaluasi serta pelaporan meliputi pengelolaan keuangan, verifikasi, pembukuan, dan akuntansi, dan pelaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh Sekretaris sesuai dengan fungsinya.

Sub Bagian Umum dan Kepegawaian mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan, pengoordinasan, pelaksanaan, pemantauan, evaluasi serta pelaporan meliputi pembinaan ketatausahaan, hukum,  kehumasan,  keorganisasian dan ketatalaksanaan, kerumahtanggaan, kearsipan, kepegawaian dan pelayanan administrasi, analisis dan formasi jabatan, SOP, SKM, ZI, PMPRB dan pelayanan administrasi di lingkungan Badan serta pelaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh Sekretaris sesuai dengan fungsinya.